Έχουν εντοπισθεί δύο ομάδες μορίων που συνθέτουν το MHC: τα μόρια κλάσεως Ι και ΙΙ, τα οποία αναγνωρίζονται από διαφορετικούς τύπους Τ-λεμφοκυττάρων. Τα μόρια κλάσεως Ι ανιχνεύονται σε όλα τα εμπύρηνα κύτταρα, εκτός των ερυθροκυττάρων, ενώ τα μόρια κλάσεως ΙΙ ανιχνεύονται μόνο στα αντιγονοπαρουσιαστικά κύτταρα, στα οποία συμπεριλαμβάνονται τα δενδριτικά κύτταρα, τα μακροφάγα, τα Β-λεμφοκύτταρα και ορισμένα άλλα κύτταρα. Το MHC εμπλέκεται στις "κύτταρο-κύτταρο" αντεπιδράσεις του προσαρμοσμένου αμυντικού συστήματος, που διαδραματίζουν κριτικό ρόλο στην προστασία από τα παθογόνα. Οι αντεπιδράσεις αυτές ενορχηστρώνονται από τις ανοσολογικές συνάψεις, των οποίων πρωτέυον συστατικό είναι οι υποδοχείς των λεμφοκυττάρων Τ (TCR) και το MHC. Η βασική αποστολή του TCR είναι η αναγνώριση αντιγόνων και η διαβίβαση διεγέρσεων σημάτων στο εσωτερικό του κυττάρου. Καθώς η σύνδεση με ένα πεπτίδιο του MHC δεν είναι ομοιοπολική, υπάρχουν πολλοί παράγοντες που εισφέρουν στη σταθεροποίηση της συνδέσεως. Ειδικότερα, ο TCR αναγνωρίζει αντιγονικά πεπτίδια σε συνεργασία με το MHC, και τα κυτοτοξικά Τ-λεμφοκύτταρα αναγνωρίζουν τμήματα των αντιγονικών πρωτεϊνών που δεν είναι ομοιοπολικά συνδεδεμένα με μόρια της κλάσεως Ι του MHC, ενώ τα επικουρικά Τ-λεμφοκύτταρα αναγνωρίζουν συγκρίμματα αντιγονικών πρωτεϊνών που είναι συνδεδεμένα με μόρια κλάσεως ΙΙ του MHC.
Η κλάση Ι μορίων MHC συντίθεται από δύο πολυπεπτιδικές αλυσίδες, μια μακρά, την α-αλυσίδα, της οποίας διακρίνονται 4 περιοχές (η κυτοπλασματική, η διαμεμβρανική, η α3 προς την οποία συνδέονται τα CD8 και μια πολυμορφική περιοχή, δεσμεύσεως πεπτιδίων) και μια βραχεία, τη β, που επίσης, ονομάζεται β2-μακροσφαιρίνη (à372). Η β2 μακροσφαιρίνη συνδέεται με την α-αλυσίδα, και εισφέρει στη διατήρηση κατάληλου σχήματος του μορίου MHC.
Τα μόρια κλάσεως ΙΙ αποτελούνται από δύο πολυπεπτιδικές αλυσίδες, την α- και β- παρόμοιου μήκους. Και επί των δύο διακρίνονται 4 περιοχές: μια κυτοπλασματική περιοχή, η οποία εμπεριέχει θέσεις φωσφορυλιώσεως και θέσεις δεσμεύσεως κυτοσκελετικών στοιχείων, μια διαμεμβρανική περιοχή, που εμπεριέχει θέσεις υδροφοβικών αμινοξέών, μέσω των οποίων το μόριο προσκολλάται στην κυτταρική μεμβράνη, μια περιοχή συνδέσεως των CD4 (à23) και, τέλος, μια πολυμορφική περιοχή συνδέσεως πεπτιδίων που σχηματίζεται από τους ανοσολογικούς χώρους α1 και β1.
Αν και υπάρχει υψηλός βαθμός πολυμορφισμού, κάθε άτομο διαθέτει το μέγιστο 6 διαφορετικά είδη μορίων κλάσεως Ι και μόλις λίγα παραπάνω κλάσεως ΙΙ. Ο πολυμορφισμός είναι απαραίτητος για την επιβίωση των ειδών. Κάθε μόριο του MHC φέρει μόνο μια θέση δεσμεύσεως, όπου δεσμεύονται όλα τα διαφορετικά είδη αντιγονικών πρωτεϊνών. Η δέσμευση με το SMI πρωτεϊνών ορίζει την αποδόμησή τους. Το MHC ορίζεται αποκλειστικά στην επιφάνεια του κυττάρου, η δράση του προϋποθέτει διακυτταρική επαφή. Το γονίδιο που κωδικοποιεί κάθε μόριο του MHC, εκφράζεται στην επιφάνεια όλων των εμπύρηνων κυττάρων. Κάθε ώριμο Τ-λεμφοκύτταρο εκφράζει έναν επιφανειακό υποδοχέα που αναγνωρίζει πεπτίδια συνδεδεμένα με MHC. Η αναγνώριση αυτή οριοθετεί το δεύτερο επίπεδο ελέγχου. Οι κυτοκίνες, ιδίως, η ιντεφερόνη-γ αυξάνει τα επίπεδα της εκφράσεως του MHC. Πεπτίδια από το κυτόπλασμα συνδέονται με μόρια κλάσεως Ι και τα κυτοκτόνα Τ-λεμφοκύτταρα, ενώ πεπτίδια από τα κυστίδια, αναγνωρίζονται από τα μόρια κλάσματος ΙΙ και αναγνωρίζονται από τα επικουρικά Τ-λεμφοκύτταρα.