Η θεραπεία της φυματιώσεως προϋποθέτει καλή γνώση της πολύπλοκης παθοφυσιολογίας της νόσου, εμπειρία του ιατρού και πιστή εφαρμογή των οδηγιών από τον άρρωστο.
Τα αντιφυματικά φάρμακα διακρίνονται σε πρωτεύοντα και δευτερεύοντα.
Τα πρωτεύοντα είναι η ισονιαζίδη, η ριφαμπικίνη, η πυραζιναμίδη, η στρεπτομυκίνη και η εθαμβουτόλη.
Tα δευτερεύοντα είναι η κυκλοσερίνη, η αιθειοναμίδη, η καπρεομυκίνη, η θειακεταζόνη, η βιομυκίνη και μερικές από τις νεώτερες κινολόνες (οφλοξασίνη). Τα τελευταί φάρμακα χορηγούνται μόνο από ειδικούς και σε εξαιρετικές περιπτώσεις.
Το συνηθέστερο σχήμα είναι: [α] χορήγηση ισονιαζίδης, ριφαμπικίνης και εθαμβουτόλης (στρεπτομυκίνηε0 επί δύο μήνες και [β] χορήγηση ισονιαζίδης και ριφγαμπικίνης επί πλέον 7 μήνες. Εάν προστεθεί πυραζιναμίδη, τότε [α] τριπλό σχήμα Ισονιαζίδη, Ριφαμπικίνη, Πυραζυναμίδη επί 2 μήνες και ακολούθως, Ισονιαζίδη, ριφαμπικίνη, επί 4μηνο. Για χημειοπροφύλαξη βλέπε σχετικό λήμμα.