Παρ΄όλο ότι έχει επισημανθεί υποκλινική κυψελιδίτιδα επί παθήσεων του συνδετικού ιστού, που αναγνωρίσθηκε με BAL, η σημασία της παραμένει αδιευκρίνιστη, καθώς είναι γνωστό ότι η ανάλυση των κυτταρικών υποπληθυσμών στις βρογχοκυψελιδικές εκπλύσεις δεν είναι διαφωτιστική για τη διάγνωση επινεμήσεων του πνευμονικού παρεγχύματος από παθήσεις του συνδετικού ιστού. Εν τούτοις, στις καταστάσεις αυτές, διενεργείται BAL, για τον αποκλεισμό επλοιμώξεων, π.χ., από πνευμονοκύστη carinii, για τον έλεγχο φαρμακοεπάγωγων πνευμονοπαθειών, διάδφορες συνοσηρότητες, όπως η κακοήθεια.
Βρογχιολοκυψελιδικές εκπλύσεις μπορεί να διενεργηθούν μέσω του εύκαμπτου βρογχοσκοπίου ταυτόχρονα με τη διαβρογχική βιοψία. Στο επιλεγμένο βρογχοκυψελιδικό τμήμα, προωθούνται θερμανθέντα διαλύματα φυσιολογικού ορού μέσω του βρογχοσκοπίου το οποίο ενσφηνώνεται σ΄ένα υποτμηματικό βρόγχο. και, ακολούθως αναρροφάται το υγρό, για κυτταρολογικές αναλύσεις. Η λεμφοκυτταρική κυψελιδίτιδα είναι χαρακτηριστική σαρκοειδώσεως. Τα πρώιμα στάδια πολλών από τις παθήσεις αυτές χαρακτηρίζονται από φλεγμονώδη κυψελιδίτιδα, η οποία απαντά στα γλυκοκρτικοειδή, ενώ στα εξελιγμένα στάδια μπορεί να αναγνωρίζεται μη αναστρέψιμη πνευμονική ίνωση.