Ο ΣΕΛ χαρακτηρίζεται από αθρόα παραγωγή πολυκλωνικών Β-κυττάρων και ειδικών αυτοαντισωμάτων εναντίον πυρηνικών στόχων. Αντίθετα, η λειτουργία των Τ-λεμφοκυττάρων εμφανίζεται διαταραγμενη, γεγονός που καθιστά τους πάσχοντες επιρρεπείς στις λοιμώξεις. η υποκείμενη αιτιολογία παραμένει αδιευκρίνιστη, αν και εκτιμάτα ότι γενετικοί παράγοντες διαδραματίζουν ρόλο στη διαμεσολάβηση επιρρέπειας στον ΣΕΛ. Έχει αναγνωρισθεί ότι προκαλείται ανατροπή δύο κιτοκινών, των IL-10 and IL-12, που παράγονται από αντιγονοπαρουσιαστικά κύτταρα και ασκούν ρυθμιστικές δράσεις στη λειτουργία των Β- και Τ- λεμφοκυττάρων. Ειδικότερα, η IL-10 διεγείρει την παραγωγή της Ig από τα Β-κύτταρα, ενώ η Il-12 ασκεί αντίθετη δράση. Επίπεδα στον ορό της IL-10 είναι υψηλότερα στους ασθενείς με ΣΕΛ και οι συγκενρώσεις συσχετίζονται με τη δραστηριότητα της παθήσεως. Ο λόγος της αυξήσεως δεν είναι ευδιάκριτος, αλλά, πιστεύεται ότι είναι συγκερασμός γενετικών και περιβαλλοντικών παραγόντων, καθώς πολλές μελέτες, επί πασχόντων ανθρώπων και πειραματοζώων έχουν δείξει ότι η υπερπαραγωγή IL-10, επάγεται από την παραγωγή αυτοαντισωμάτων και τη διαταραχή της λειτουργίας των Τ-λεμφοκυττάρων, κατάστάσεις που χαρακτηρίζουν τον ΣΕΛ. Επομένως, αναμένονται φάρμακα που αναστέλλουν την IL-10 και, επομένως, αναστέλλουν in vivo και in viro την παραγωγή Ig από τα Β-κύτταρα και αποκαθιστούν τη λειτουργία των Τ-κυττάρων.
Πέρα από την κιτοκίνη IL-10, που επίσης είναι γνωστή ως BAFF, BlyS or zTNF, μια άλλη κιτοκίνη από την οικογένεια του ογκονεκρωτικού παράγοντα, επάγει την ενεργοποίηση και τον πολλαπλασιασμό των Β-λεμφοκυττάρων, που εμπλεκόνται στηνπαραγωγή αυοαντισωμάτων, την υπεργαμμασφαιριναιμία, και την απελευέρωση νεφροτοξικών αντιDNA αντισωμάτων. Ο ογκονεκρωτικός παράγοντας, TNF-a) εμφανίζεται αυξημενος στον ορό, ασθενών με ΣΕΛ. Εν τούτοις, οι τίτλοι των διαλυτών θραυσμάτων των νυποδοχέων ρ55 και ρ75 του TNF-a αυξλάνονται απρόμοια, προκαλώντας, πιθανόν, αναστολή της δράσεως του ογκονεκρωτικού παράγοντα στον ορό. Δεν υπάρχουν επαρκή στοιχεία για τον απορρυθμιστικό ρόλο του TNF-a στον ΣΕΛ. Γνωρίζουμε ότι οι θεραπευόμενοι με αναστολείς του ογκονεκρωτικού παράγοντα ασθενείς με ρευματοειδή αρθρίτιδα αναπτύσσουν χαμηλής συγγένειας IgM αντι-dsDNA ανισώματα, αν και έχουμε υπ΄όψη μας την εμπειρία των Aringer et al., οι οποίοι διαπίστωσαν ευνοϊκή δράση των αντιTNF-a παραγόντων, υποβαθμίζονγας, έτσι, το ρόλο των κιτοκινλών στους τοπικούς μηχανισμούς της φκεγμονής, επί ΣΕΛ.
Έτσι, η εμπλοκή του ογκονεκρωτικού παράγοντα δεν είναι ευδιάκριτη, καθώς, επιπλέον, μερικοί αναγνωρίζουν ευοδωτικό και άλλοι ανασταλτικό ρόλο, σε πειραματικές διατάξεις. Είναι γνωστό ότι τα συμπλέγματα αντι-DNA αντισώματα με DNA προκαλούν την παραγωγή ιντερφερόνης, τύπου Ι, από τα πλακυοειδή δενδριτικά κύτταρα. Επομένως, είναι πιθανόν ότι η αυξημένη παραγωγή ιντερφερόνης -α από τα PBMC εμπλέκεται σε ένα φαύλο κύκλο, που απολήγει σε περαιτέρω αύξηση αυτοαντισωμάτων, αν και η υπόθεση αυτή πρέπει να επαληθευτεί.
Νοσήματα ανώτερων αναπνευστικών οδών επί αυτοάνοσων νοσημάτων. Τα συστηματικά αυοάνοσα νοσήματα, όπως ο ΣΕΛ η υποτροπιάζουσα πολυχονδρίτις, το σύνδρομο Sjögren μπορεί να επιβαρύνονται με δυσίατη παραρινοκολπίτιδα, πέρα από τα συνήθη αναπνευστικά τους προβλήματα. Η πλέον συχνές συστηματικές παιθήσεις με προβλήματα από το ανώτερο αναπνευστικό είναι το σύνδρομο Churg–Strauss, και η κοκκιωμάτωση με πολυαγγειΐτιδα (: κοκκιωμάτωση Wegener). Η χρονία ρινίτις και η δυσίατη παραρινοκολπίτιδα είναι, συχνά, οι αρχικές εκδηλώσεις, που προηγούνται των συμπτωμάτων από το κατώτερο αναπνεσυτικό σύστημα και τις συστηματικές εκδηλώσεις. Πάνω από το 75% των ασθενών σύνδρομο Wegener και Churg-Strauss προσέρχονται με συμπτώματα από το ανώτερο αναπνευστικό σύστημα, συνήθως ρινική απόφραξη, και χρόνιες υποτροπιάζουσες λοιμώξεις. Σε μια μελέτη, από το 2009, 61% των ασθενών με σύνδρομο Wegenerκαι Churg Strauss εμφανίζουν επίσταξη και ρινική απόφραξη. Επί συνδρόμου Churg Strauss, το άσθμα είναι προηγείται των συμπτωμάτων από το ανώτερο αναπνευστικό σύστημα, όπως η ρινίτις και παραρινοκολπίτις, με ή χωρίς ρινικούς πολύποδες, σε ~75% των περιπτώσεων. Συγκριτικά με τις βλάβες που αναγνωρίζονται στιο σύνδρομο Wegener οι ρινικές και ρινοκολπίκες βλάβες των ασθενών με σύνδρομο Churg-Strauss, είναι τυπικά μη διαβρωτικές, παρ΄όλο ότι μπορεί να εμφανίζεται επίστξη, όπως προειπώθηκε.
Η σαρκοείδωση, μια πολυοργανική πάθηση, με πνευμονική επινέμηση σε πάνω από 90% των ασθενών. Παρ΄όλο ότι <5% των ασθενών αναπτύσσουν σαρκοειδικές βλάβες στη ρινική κοιλότητα και τους κόλπους, κατά την προσέλευσή τους, όλοι σχεδόν οι ασθενείς εμφανίζουν συμπτώματα από το ανώτερο αναπνευστικό, όπως ρινική απόφραξη, ξηρότητα και ρινόρροια.