Έχουν εντοπισθεί δύο ομάδες μορίων που συνθέτουν το MHC: τα μόρια κλάσεως Ι και ΙΙ, τα οποία αναγνωρίζονται από διαφορετικούς τύπους Τ-λεμφοκυττάρων. Τα μόρια κλάσεως Ι ανιχνεύονται σε όλα τα βλέπε: Σύμπλεγμα Μείζονος Ιστοσυμβατότητας Σύμπλεγμα Μείζονος Ιστοσυμβατότητας
