Η τάξη Ι μορίων MHC συντίθεται από δύο πολυπεπτιδικές αλυσίδες, μια μακρά, την α-αλυσίδα, της οποίας διακρίνονται 4 περιοχές (η κυτοπλασματική, η διαμεμβρανική, η α3 προς την οποία συνδέονται τα CD8 και μια πολυμορφική περιοχή, δεσμεύσεως πεπτιδίων) και μια βραχεία, τη β, που επίσης, ονομάζεται β2-μακροσφαιρίνη (à372). Η β2 μακροσφαιρίνη συνδέεται με την α-αλυσίδα, και εισφέρει στη διατήρηση κατάληλου σχήματος του μορίου MHC.
Τα μόρια τάξεως ΙΙ αποτελούνται από δύο πολυπεπτιδικές αλυσίδες, την α- και β- παρόμοιου μήκους. Και επί των δύο διακρίνονται 4 περιοχές: μια κυτοπλασματική περιοχή, η οποία εμπεριέχει θέσεις φωσφορυλιώσεως και θέσεις δεσμεύσεως κυτοσκελετικών στοιχείων, μια διαμεμβρανική περιοχή, που εμπεριέχει θέσεις υδροφοβικών αμινοξέών, μέσω των οποίων το μόριο προσκολλάται στην κυτταρική μεμβράνη, μια περιοχή συνδέσεως των CD4 (à23) και, τέλος, μια πολυμορφική περιοχή συνδέσεως πεπτιδίων που σχηματίζεται από τους ανοσολογικούς χώρους α1 και β1.
Αν και υπάρχει υψηλός βαθμός πολυμορφισμού, κάθε άτομο διαθέτει το μέγιστο 6 διαφορετικά είδη μορίων τέξεως Ι και μόλις λίγα παραπάνω τέξεως ΙΙ. Ο πολυμορφισμός είναι απαραίτητος για την επιβίωση των ειδών. Κάθε μόριο του MHC φέρει μόνο μια θέση δεσμεύσεως, όπου δεσμεύονται όλα τα διαφορετικά είδη αντιγονικών πρωτεϊνών. Η δέσμευση με το SMI πρωτεϊνών ορίζει την αποδόμησή τους. Το MHC ορίζεται αποκλειστικά στην επιφάνεια του κυττάρου, η δράση του προϋποθέτει διακυτταρική επαφή. Το γονίδιο που κωδικοποιεί κάθε μόριο του MHC, εκφράζεται στην επιφάνεια όλων των εμπύρηνων κυττάρων. Κάθε ώριμο Τ-λεμφοκύτταρο εκφράζει έναν επιφανειακό υποδοχέα που αναγνωρίζει πεπτίδια συνδεδεμένα με MHC. Η αναγνώριση αυτή οριοθετεί το δεύτερο επίπεδο ελέγχου. Οι κυτοκίνες, ιδίως, η ιντεφερόνη-γ αυξάνει τα επίπεδα της εκφράσεως του MHC. Πεπτίδια από το κυτόπλασμα συνδέονται με μόρια κλάσεως Ι και τα κυτοκτόνα Τ-λεμφοκύτταρα, ενώ πεπτίδια από τα κυστίδια, αναγνωρίζονται από τα μόρια κλάσματος ΙΙ και αναγνωρίζονται από τα επικουρικά Τ-λεμφοκύτταρα.