Η συγκέντρωσή του στον ορό κατά το χρόνο της διάγνωσης σχετίζεται με την πρόγνωση. Τιμές καρκινοεμβρυϊκού αντιγόνου <5 ng/ml είναι ενδεικτικές περιορισμένης παθήσεως, ενώ τιμές >10 ng/ml, είναι ενδεικτικές εκτεταμένης παθήσεως και δυσμενούς προγνώσεως. Ο χρόνος ημιζωής του είναι ~3 εβδομάδες. Μετά επιτυχή θεραπεία, τα επίπεδα του καρκινοεμβρυϊκού αντιγόνου μειώνονται και παραμένουν χαμηλά, για όσο διάστημα η πάθηση ευρίσκεται σε ύφεση. Αύξηση των συγκεντρώσεων στον ορό υποδηλώνει υποτροπή, η οποία θα εκδηλωθεί κλινικά/απεικονιστικά μερικούς μήνες αργότερα.
Στοα νεοπλάσματα του ΓΕΣ, ειδικότερα του ορθοπρωκτικού καρκίνου το καρκινοεμβρυϊκό αντιγόνο, ΚΕΑ, αυξάνεται μόνον επί επινεμήσεως του εντερικού τοιχώματος, έτσι, ώστε δεν είναι ένας, βιοδείκτης χρήσιμος στον προσυμπτωματικό έλεγχο. Παρ΄όλο ότι δεν συσχετίζεται ποσοτικά με το στάδιο του όγκου, αυξάνεται σημαντικά όταν έχει ήδη επινεμηθεί το ήπαρ, ακόμη και σε πολύ περιορισμένο βαθμό. Από την άλλη, το ΚΕΑ μπορεί να παραμείνει φυσιολογικό, επί καρκινικών κυττάρων μικρού βαθμού διαφοροποιήσεως.
Το ΚΕΑ μπορεί να διευκολύνει τον ορισμό εγχειρησιμότητας του όγκου, αλλά και την μετεγχειρητική αποτίμηση της πλήρους εξαιρέσεως, την ποαρουτσία υποτροπής ή και της απαντήσεως της μεταστατικής παθήσεως στη θεραπεία. Ο καρκίνος του στομάχου και του παγκρέατος μπορεί επίσης να συνοδεύεται από αυξημένες συγκεντρώσεις ΚΕΑ.
Νεοπλάσματα εκτός ΓΕΣ. στην κλατηγορία περιλαμβάνονται κυρίως τα αδενοκαρκινώματα του πνεύμονος, όπου η ανίχνευση ΚΕΑ είναι δηλωτική παρουσίας εξωθωρακικής επεκτάσεως και, ιδιαίτερα, ηπατικών μεταστάσεων, επιδερμοειδούς καρκίνου των βρόγχων. Αυξημένες τιμές ΚΕΑ μπορεί, ακόμη, να αναγνωριστούν επί καρκ'ίνου του μαστού.
Μη κακοήθεις παθήσεις του ΓΕΣ . Το ΚΕα μπορεί, επίσης, β]να ανιοχνευτεί στις φλεγμονώδεις παθήσεις του εντέρου, την αλκοολική ηπατοπάθεια, στους βαρείς καπνιστές, και επί παγκρατίτιδας. 23