Η βαρύτητα της λοιμώξεως από σταφυλόκοκκο εοφείλεται στην επίπτωση των ανθεκτικών στα αντιβιοτικά στελεχών του και στη λύση του πνευμονικού ιστού, ως μέρους της λοιμώξεως που απολήγει στο σχηματισμό φυσαλίδων (bulae), ρήξη των φυσαλίδων στην υπεζωκοτική κοιλότητα (πνευμοθώρακας, πυοπνευμονθώρακας), σοβαρές διαταραχές αερισμού και σηψαιμία. Η σταφυλοκοκκική λοίμωξη συμβαίνει μετά εισπνοή/εισρόφηση μολυσματικού υλικού ή μετά αιματογενή διασπορά από απομακρυσμένες εστίες (σηπτικά έμβολα). Η αερογενής μόλυνση έπεται ιογενούς λοιμνώξεως, όπως γρίππη ή ιλαρά, ή πορεί να συνδέεται με συνοσηρόττηες (ΧΑΠ, καρκλινος, λαρυγγεκτομή, σπασμοί). Η αιματογενής διασπορά είναι αποτέλεσμα βακτηριαιμίας (ενδοκαρδίτιδα, μολυσμτικό υλικό διαχέεται στην κυκλοφορία). Απ΄ευθείας λοίμωξη του αίματος, μέσωενδοφλεβίου λήψεως οσιών, είναι ο κοινότερος τρόπος μολύνσεως και αποτελεί συχνή αιτία προσελεύσεως στο Τμήμα Επιγόντων του Νοσκομείου.
Η κλινική εικόνα μπορεί να είναι ασυνήθης, συγκρινόμνη με την εικόνα της τυπικής πνευμονίας, όταν η μόλυνση συμαβαίνει μέσω αγγειακής διασποράς, ώστε η δύσπνοια, ο βήχας και η απόχρεμψη μπορεί να επισκιάζονται από τις εκδηλώσεις της ενδοκαρδίτιδας ή της πρωτοπαθούς εστίας. Η λοίμωξη από σταφυλόκοκκο μπορεί, επιπλέον, να προκαλεί πλευριτική συλλογή, εμπύημα ή απόστημα.
Στην ακτινογραφία θώρακος περιγράφονται δύο διακριτοί τύποι αλλοιώσεων: Κεντρική ή τμηματική πύκνωση, δευτεροπαθή σε εισρόφηση, ή διάσπαρτα διηθήματα τα οποία αρχικά μεν είναι οζώδη και, ακολούθως μεταπίπτουν σε παρεγχυματική πύκνωση με ή χωρίς τήξη μετά την αιματική διασπορά της λοιμώξεως. Αποστήματα, πλευριτική συλλογή και εμπύημα είναι συχνά, όπως είναι και η σηψαιμία. Η τελική έκβαση εξαρτάται από τις συνοσηρότητες, την διασπορά της νόσου και εκ της αντιστάσεως του υεύθυνου μικροοργανισμού στα αντιβιωτικά. Οι ανθεκτικοί στη μεθικιλλίνη σταφυλόκκοκοι κοινότητας (MRSA: Community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus) έχεουν αυξηθεί ως συχνές λοιμώξεις του δέρματος και των μαλακών ιστών σε εξωνοσκομειακό περιβάλλον. Τα MRSA μπορούν, επίσης, να προκαλέσουν σοβαρές πνευμονικές λοιμώξεις , όπως η νεκρωτική πνευμονία και το εμπύημα. Τα στελέχη αυτά έχουν ισχυρότερη λοιμογόνο δύναμη από τα νοσοκομειακά στελέχη, που ενσωματώνουν το γονίδιο που κωδικοποιεί την λευκοσιδίνη Panton-Valentine leukocidin και SCCmec, το στοιχείο IV, που ανήκει στο USA300 pulsed-field.
Η λευκοσιδίνη Panton- Valentine είναι τοξίνη που προκαλεί λυτικούς πόρους στις κυτταρικές μεμβράνες υωμ ουδετεροφίλων και επάγει την απελευθέρωση των ουδετεροφιλικών χημοτακτικών παραγόντων που επάγουν τη φλεγμονή και τη ιστική καταστροφή. Τα MRSA είναι, τυπικά, πιό ευάλλωτα σε ένα μεγάλο εύρος αντιβιοτικών, από ότι τα νοσοκομειακά ομόλογά τους, Το καταλληλότερο σχήμα αντιβιοτικών για τα στελέχη αυτά (θετικά στη λευκοσιδίνη) είναι άγνωστο, αν και αντιβιοτικά με δράση έναντι των MRSA και την ικανότητα να αναστέλλουν την παραγωγή τοξινών μπορεί να είναι κατάλληλα για τη θεραπεία της σταφυλοκοκκιάσεως. Μεταξύ αυτών η λινεζολίφη και η κλινδαμυκίνη.