Το κάπνισμα επεμβαίνει δραστικά στη διαμόρφωση των ρυθμών καθάρσεως από το τραχειοβρογχικό δένδρο. Η προσωρινή απενεργοποίηση της βλεννοκροσσωτής συσκευής ή/και του βήχα για διάστημα μεγαλύτερο των τριών ή τεσσάρων ωρών μετά την καθήλωση μπορεί να απολήξει σε πολλαπλασιασμό των καθηλωμένων στις επιφάνειες ή στις εκκρίσεις μικροβίων ή ιών. Σε καταστάσεις φλεγμονής ή άλλης βλάβης του βλεννογόνου του τραχειοβρογχικού δένδρου, ο ρυθμός μετακινήσεως και αποβολής επιβραδύνεται πολύ και, στην πραγματικότητα η μετακίνηση βλέννης μπορεί να ανασταλεί ή ακόμη και να αναστραφεί με αποτέλεσμα τη μεταφορά των ξένων υλών σε περιφερικότερες μοίρες των τραχειοβρογχικού δένδρου, με συνακόλουθη επιδείνωση των δυσμενών συνεπειών.
Το κάπνισμα των τσιγάρων αναγνωρίζεται ως ο σημαντικότερος αιτιολογικός παράγοντας στην παθογένεια της χρόνιας βρογχίτιδας και του βρογχογενούς καρκίνου. Η αέρια φάση του καπνού των τσιγάρων περιέχει πολλές τοξικές ουσίες και σωματίδια, που καθηλώνονται στο αναπνευστικό σύστημα κατά την εισπνοή του καπνού. Οι ουσίες αυτές ασκούν βλαπτική επίδραση στους μηχανισμούς της βλεννοκροσσωτής καθάρσεως των αεραγωγών, προκαλώντας λειτουργική ή/και ανατομική βλάβη στους κροσσούς και τροποποιώντας τους φυσικοχημικούς χαρακτήρες της βλέννης, προκαλώντας την παραγωγή παθολογικής ως προς την ποσότητα ή την ποιότητα βλέννης. Η μείωση του ρυθμού καθάρσεως συνεπάγεται σημαντική παράταση της εκθέσεως της βλεννογονίου επιθηλιακής στιβάδας στην τοξική και δυνητικά καρκινογόνο δράση των εισπνεομένων παραγώγων του καπνού.