Η φλεγμονή διαδραματίζει κεντρικό ρόλο στη θεραπεία της ΧΑΠ. Οι προκλητικοί παράγοντες, όπως το κάπνισμα, ενεργοποιούν μηχανισμούς επιστρατεύσεως κυττάρων της φλεγμονής στους αεραγωγούς, όπως τα ουδετερόφιλα, μακροφάγα και Β και Τ λεμφοκύτταρα, τα οποία, με τη σειρά τους, ενεργοποιούν τη σύμφυτη και επίκτητη άμυνα σε τοπικό ή συστηματικό επίπεδο. Η φλεγμονή στους αεραγωγούς απολήγει σε μείωση της εγκάρσιας διατομής των μικρών, ιδίως, αεραγωγών, λόγω παχύνσεως του τοιχώματός τους, περιβρογχικού οισδήματος, οιδήματος του βλεννογόνου, υπερπλασίας, μεταπλασίας και υπετροφίας των καλυκοειδών κυττάρων, καταλήψεως του αυλού από παθολογικής συστάσεως βλέννη, μειώσεως της επιφανειοδραστικής ουσίας, που δρα διατηρώντας τη βατότητα των μικρών αεραγωγών. Στη μείωση της διαμέτρου των αεραγωγών συμβάλλει η αύξηση του τόνου των λείων μυικών ινών, που περιβάλλουν γεωδεσικά τους αεραγωγούς και η απώλεια της ακτινωτής υποστηρίξεως των τοιχωμάτων των μικρών βρογχίων, λόγω απώλειας ελαστικών ινών των κυψελιδικών τοιχωμάτων, που πακτώνονται στα τοιχώματα των αεραγωγών. Το οξειδωτικό stress επιφέρει δυσμενείς επιδράσεις στην ακεραιότητα των αεραγωγών, επιταχύνει την ηλικίωση των πνευμονόνων και μειώνει την επίδραση των κορτικοειδών μειώνοντας τις συγκεντρώσεις της αποακετυλάσης -2 της κετόνης. Η ανατροπή της ισορροπίας πρωτεασών-αντιπρωτεασών προκαλεί βλάβες στους ιστούς και ενεργοποιεί τις διαδικασίες της φλεγμονής. Η φλεγμονή αναγνωρίζεται και στα τοιχώματα των πνευμονικών αρτηριών αλλά και επεκτείνεται συστηματικά, ώστε εμπλέκεται στην ανάπτυξη συνοσηροτήτων.
Η φλεγμονή στους εγγύς βρόγχους ευθύνεται για την κλινική εικόνα της χρόνιας βρογχίτιδας, ενώ η φλεγμονή στα άπω βρογχιόλια και το παρέγχυμα σχετίζεται με την απόφραξη, το πνευμονικό εμφύσημα και την υπερδιάταση. Τα συνήθη χαμηλά επίπεδα της φλεγμονής στους ασθενείς με ΧΑΠ, εξαίρονται, σημαντικά, σε περιόδους παροξύνσεων.
Τα εισπνεόμενα στεροειδή είναι πολύ λιγότερο αποτελεσματικά, παρ΄ό,τι επί άσθματος, γεγονός που σχετίζεται με την ενδογενή πτωχή αναστρεψιμότητα της αποφράξεως που σχετίζεται με τη ΧΑΠ, σε αντίθεση με την απόφραξη επί άσθματος, αλλά ακόμη και στούς μοριακούς μηχανισμούς αντιστάσεως, που επάγονται από το οξειδωτικό stress. Αναζητούνται νέες φαρμακολογικές μορφές, οι οποίες στοχεύουν αμεσότερα στους ειδικούς για τη ΧΑΠ μηχανισμούς της φλεγμονής, της υπερεκρίσεως παθολογικής συστάσεως φλεγμοβλεννώδεις εκκρίσεις, και της ιστικής βλάβης και επιδιορθώσεως. Μεταξύ των νεώτερων αντιφλεγμονωδών παραγόντων, οι αναστολείς της φωσφοδιεστεράσης -4 έχουν ήδη εισαχθεί στην καθημερινή κλινική πρακτική.