η χλωρίδα των ανωτέρων αναπνευστικών οδών, του τραχειοβρογχικού δένδρου και του πνευμονικού παρεγχύματος

[α] στοματική κοιλότητα

Η στοματική κοιλότητα βρίθει σαπρόφυτων μικροοργανισμών(>10⁴/ml σιέλου), με συχνότερα απαντώμενα στελέχη του στρεπτόκοκκου και της βεϊλλονέλλας. Τα αναερόβια επικρατούν των αεροβίων σε αναλογία 1/5 - 1/10. Αντίθετα, στη στοματική κοιλότητα δεν υπάρχουν gram αρνητικά ή μικροοργανισμοί, υπό συνήθεις χωροβιονομικές συνθήκες. Σε νοσηλευόμενους, όμως, ή άτομα που ενδημούν σε Ιδρύματα περιθάλψεως, οίκους νοσηλείας, είναι φορείς χρονίων νοσημάτων, όπως ο αλκοολισμός  και ο σακχαρώδης διαβήτης ή τελούν υπό αλλεπάλληλες λήψεις αντιβιοτικών, μπορεί να ανιχνεύοντται κολλίφορμα μικρόβια και στελέχη ψευδομονάδας.  Οι αυχένες των δονιτών (ούλα) αποτελούν άριστα εκτροφεία αναεροβίων. Γενικά το στοματοφάρυγγα μπορεί να αποικίζουν οι κάτωθι μικροοργανισμοί, υπό τα αντίστοιχα ποσοστά.

[β] τραχειοβρογχικό δένδρο

Πιστεύεται ότι το τραχειοβρογχικό δένδρο, κάτω από το όριο του κρικοθυρεοειδούς χόνδρου, είναι στείρο, αν και έχει γνωσθεί ότι περίπου 20% των υγιών αναγνωρίζονται χαμηλές συγκεντρώσεις μη παθογόνων μικροοργανισμών, παρά την άθικτη τοπική και αμυντική λειτουργία, μέσω του βήχα, της τραχειοβρογχικής βλεννοκροσσωτής συσκευής και της τοπικής συγκεντρώσεως εκρκριτικής IgA. Αντίθετα, το τραχειοβρογχικό δένδρο ατόμων με χρόνιες πνευμονοπάθειες.και καρκίνο του πνεύμονος ευρίσκεται συνήθως αποικισμένο με πνευμονιόκοκκο και αιμόφιλο της γρίππης, άτομα που φέρουν τραχειοστομία αποικίζονται, συχνότερα, με κολίφορμα και στελέχη ψευδομονάδων.