Τα μακροφάγα εξυπηρετούν τρεις διακριτές μεταξύ τους, αλλά αλληλοσυμπληρούμενες λειτουργίες: Συγκεκριμένα, τα μακροφάγα είναι:
[α] εκκριτικά κύτταρα και εκκρίνουν βιολογικά δραστικές ουσίες,
[β] περισυλλέγουν και απομακρύνουν από τους ιστούς διάφορα σωματίδια, με ή χωρίς αντιγονική δραστηριότητα και,
[γ] επάγουν ανοσολογικές απαντήσεις του οργανισμού.
Σαν εκκριτικά κύτταρα, τα μακροφάγα εκκρίνουν πληθώρα βιοδραστικών ουσιών, που αποσκοπούν, αλλά όχι πάντα επιτυχώς, στη διατήρηση της ομοιοστασίας του οργανισμού και στη ρυθμιστική παρέμβαση επί των διαδικασιών της φλεγμονής, της ιστικής αποκαταστάσεως και της ειδικής ανοσολογικής διεγέρσεως. Τα μακροφάγα έχουν την ικανότητα να συνθέτουν και να εκκρίνουν περισσότερες από 50 βιοδραστικές ουσίες, παρ΄όλο που δεν εκκρίνονται όλες από κάθε κύτταρο ταυτόχρονα. Μεταξύ των εκκριτικών τους προϊόντων περιλαμβάνονται ένζυμα, όπως οι ελαστάσες και οι κολλαγενάσες, οι ενεργοποιητές του πλασμινογόνου και οι πρωτεάσες, παράγωγα του συμπληρώματος, παράγοντες που διεγείρουν την ανάπτυξη και τη διαφοροποίηση άλλων κυττάρων, όπως πχ. των κοκκιοκυττάρων, κυτταροτοξίνες και, τέλος, μικρού μοριακού βάρους βιοδραστικές ουσίες, όπως οι προσταγλανδίνες και τα λευκοτριένια. Η φαγοκυτταρική λειτουργία των μακροφάγων έχει εκτεταμένα μελετηθεί κι έχει σύντομα περιγραφεί σε προηγούμενη παράγραφο.
Σχετικά πρόσφατα έχει εκτιμηθεί ο ρόλος των μακροφάγων στις αμιγείς ανοσολογικές λειτουργίες του οργανισμού, στην αναγνώριση του αντιγόνου και την επαγωγή της ανοσολογικής απαντήσεως. Τα μακροφάγα, τέλος, επεμβαίνουν στη διαμόρφωση των ανοσολογικών απαντήσεων. Μέσω του μηχανισμού φαγοκυτταρώσεως, διάφορα σωματίδια με αντιγονική συμπεριφορά φαγοκυτταρώνονται και αδρανοποιούνται από τα ενδοκυττάρια ένζυμα του μακροφάγου. Εναλλακτικά, διάφορα αντιγόνα συναθροίζονται, δεσμευόμενα στην επιφάνεια του κυττάρου και συνδεδεμένα αναγνωρίζονται από τα λεμφοκύτταρα, ιδίως τα Τ-κύτταρα. Τα συνδεδεμένα αντιγόνα έχουν μεγαλύτερη αντιγονική ισχύ, αλλά η αναγνώρισή τους από τα Τ-κύτταρα προϋποθέτει τη συνδρομή γλυκοπρωτεϊνικών μακρομορίων, που κωδικοποιούνται στην περιοχή dr του "MHC".