Σε μικροσκοπικά παρασκευάσματα πνευμονικού ιστού ανιχνεύονται ευρήματα συμβατά με κυψελιδική αιμορραγία, πλήρωση των αεροχώρων με κυψελιδικά μακροφάγα κεχρωσμένα με αιμοσιδηρίνη και διάταση του διάμεσου χώρου, εκ πληρώσεως με ουδετερόφιλα. Δεν υπάρχουν ευρήματα αγγειΐτιδας. Στα μικροσκοπικά παρασκευάσματα νεφρικού ιστού αναζητείται νεκρωτική, παραγωγική σπειραματονεφρίτιδα. Η παραγωγική δραστηριότητα είναι ήπια και εμφανίζεται κατά τόπους. Υπό το κοινό μικροσκόπιο, η απότοκη του συνδρόμου Goodpasture σπειραματονεφρίτιδα δε διακρίνεται από τους άλλους τύπους σπειραματονεφρίτιδων. Το παθογνωμονικό εύρημα, επί συνδρόμου Goodpasture είναι η παρουσία ανοσοσφαιρίνης, συνήθως IgG, κατά μήκος της βασικής μεμβράνης των σπειραμάτων και της κυψελιδοτριοχειδικής μεμβράνης. Σε ικανή αναλογία ασθενών, αναγνωρίζεται, επίσης, η καθήλωση του συμπληρώματος (C3) στις ίδιες θέσεις.