Η οξεία φάση της πνευμονίας εξ υπερευαισθησίας συγχέεται, συνήθως, με μικροβιακή πνευμονία. Κατά τη χρόνια φάση του νοσήματος, στο διαφοροδιαγνωστικό προβληματισμό συμπεριλαμβάνονται πολλά άλλα αίτια διάχυτης πνευμονικής ινώσεως, όπως η ιδιοπαθής πνευμονική ίνωση, η συγκλειστική βρογχιολίτιδα με οργανούμενη πνευμονία, η σαρκοείδωση. Η τελευταία νόσος, αν και μπορεί να εμφανισθεί με παρόμοια κλινικοπαθολογοανατομικά ευρήματα, συνήθως συνοδεύεται με πυλαία αδενίτιδα και πρόκειται περί συστηματικής νόσου, ενώ η πνευμονία εξ υπερευαισθησίας παραμένει αυστηρά ενδοπνευμονική διαταραχή και δεν προσβάλλει τους αδένες της πύλης.