Οι διάφοροι τύποι μακροφάγων συνθέτουν έναν ετερογενή πληθυσμό κυττάρων που διαφέρουν ως προς την προέλευση και το στάδιο διαφοροποίησεώς τους και μπορεί να έχουν εκτεθεί σε διαφορετικό ιστικό-ειδικό μικρο-περιβάλλον.
Εμφανίζεται έτσι ένα εύρος λειτουργικών και μορφολογικών φαινοτύπων (έκφραση των συνδέσεων στη μεμβράνη και των προϊόντων που εκκρίνουν).
Τα μακροφάγα ταξινομήθηκαν αρχικά στο, μάλλον ασαφώς περιγραφόμενο, δικτυοενδοθηλιακό σύστημα (ΔΕΣ) και ανήκουν στο σύστημα των μονοπύρηνων φαγοκυττάρων. Όλα τα κύτταρα του συστήματος αυτού έχουν όμοια μορφολογικά χαρακτηριστικά και παρόμοιες λειτουργικές ιδιότητες και προέρχονται από τους ίδιους κυτταρικούς προγόνους του μυελού των οστών. Η μεταξύ τους διάκριση είναι δυσχερής και βασίζεται κυρίως στη μελέτη με ηλεκτρονικό μικροσκόπιο, στην ταυτοποίηση ειδικών επιφανειακών υποδοχεών και την ανίχνευση ενδοκυττάριων ενζύμων. Για πολλά χρόνια εθεωρούντο κύτταρα με απλούς φαγοκυτταρικούς χαρακτήρες και μόνο πρόσφατα έχει εκτιμηθεί η πολύπλοκη συμμετοχή τους στους γενικότερους προστατευτικούς και αμυντικούς μηχανισμούς του οργανισμού, καθώς έχουν, πέρα από τη φαγοκυτταρική, την ικανότητα να καταστέλλουν ή να ενεργοποιούν τα λεμφοκύτταρα, να δρουν σαν κυτταροτοξικά κύτταρα κατά των νεοπλασματικών κυττάρων, να ασκούν έντονη μικροβιοκτόνο δράση και να παράγουν και απελευθερώνουν μεγάλη ποικιλία βιοδραστικών ουσιών, με τις οποίες "ενορχηστρώνουν" τη λειτουργία άλλων κυττάρων.
Έχει προταθεί ένα σύστημα ταξινομήσεως, βασισμένο σε βασικές λειτουργίες μακροφάγων που εμπλέκονται στις διεργασίες διατηρήσεως της ομοιστάσεως. Έτσι, τα μακροφάγα άμυνας του ξενιστή (host defence macrophages) αντιστοιχούν στα M1 μακροφάγα. Επιπλέον, υπάρχει διάκριση ανάμεσα στα μακροφάγα επουλώσεως τραύματος και τα ρυθμιστικά μακροφάγα που εμπλέκονται στη ρύθμιση των αμυντικών μηχανισμών. Ο όρος ”ρυθμιστικό μακροφάγο” χρησιμοποιείται για να περιγράψει ένα μακροφάγο που παράγει υψηλές συγκεντρώσεις IL10 και χαμηλά επίπεδα IL12 και IL23.