Oι μηχανισμοί προστασίας του αναπνευστικού συστήματος διακρίνονται σε αντανακλαστικούς και μη αντανακλαστικούς και οι περισσότεροι από αυτούς εδράζονται και δρουν στους ανώτερους αεραγωγούς. Το αναπνευστικό σύστημα διαθέτει ισχυρούς μηχανισμούς διηθήσεως και κλιματισμού του εισπνεομένου αερορρεύματος, που εδράζονται -κυρίως- στη ρινοφαρυγγική περιοχή και τους ανώτερους αεραγωγούς.
Ο εισπνεόμενος αέρας εφυγραίνεται κατά τη διέλευσή του από τις ρινικές χοάνες. Ο κορεσμός του εισπνεόμενου αέρα συντελείται κατά 75% στο ρινοφάρυγγα και κατά 25% στο λάρυγγα, στην τραχεία και τους μεγάλους βρόγχους. Κατά την άφιξή του στην τραχεία, η σχετική του υγρασία έχει ήδη πλησιάσει στο επίπεδο κορεσμού. Η χαμηλή θερμοκρασία του εισπνεόμενου αέρα φαίνεται ότι διευκολύνει την ανάμιξη υδρατμών. Υπολογίζεται ότι η ημερήσια απώλεια νερού από τους αεραγωγούς για εφύγρανση του εισπνεόμενου αέρα υπερβαίνει τα 100gr στους ενήλικες. Η έκθεση της τραχείας σε εισπνοή αέρα με σχετική υγρασία μικρότερη των 100% προκαλεί σημαντική μείωση της ροής της βλέννης, που αποκαθίσταται με τη διόρθωση της υγρασίας του εισπνεομένου αερορρεύματος. Με την εφύγρανση του αναπνεόμενου αέρα επιτυγχάνεται η ρευστοποίηση των παχυρρεύστων εκκρίσεων, σε παθήσεις των μεγάλων αεραγωγών, που εκδηλώνονται με παθολογικής συστάσεως τραχειοβρογχικές εκκρίσεις, εκλυόμενες από υπερπλαστικούς ή/και υπερτροφικούς τραχειοβρογχικούς αδένες και καλυκοειδή κύτταρα. Σε περιπτώσεις με παράκαμψη των ανωτέρων οδών, όπως επί στοματοτραχειακής διασωληνώσεως, τραχειοστομίας ή εφαρμογής ρινοτραχειακού καθετήρα, ο εισπνεόμενος αέρας πρέπει να υφίσταται τεχνητή εφύγρανση, που να εξασφαλίζει 70% σχετικής υγρασίας· κι αυτό εξασφαλίζεται με τον εμπλουτισμό του εισπνεόμενου αέρα με 30 mg νερού ανά l αέρα.
Η θερμοκρασία και η υγρασία του εισπνεομένου αέρα επηρεάζουν σημαντικά το βαθμό καθηλώσεως των διαλυτών, αφυδατωμένων ή υγροσκοπικών αεροσολών ή σωματιδίων. Ο βαθμός καθηλώσεως εξαρτάται σημαντικά από τη σχετική υγρασία και τη θερμοκρασία, εφ΄όσον η μεγέθυνση που τα σωματίδια υφίστανται, καθώς εφυγραίνονται, διατρέχοντας τους αεραγωγούς, θα απολήξει σε αύξηση του αεροδυναμικού τους μεγέθους και θα επηρεάσει τη θέση και την έκταση της καθηλώσεώς τους.