Η απαγωγή του CO2 μπορεί να διαταραχθεί σε πολλές παθολογικές καταστάσεις. Εν τούτοις, η διαταραχή αυτή σπάνια είναι αποτέλεσμα παθολογικής μεταγωγής αλλά, συνήθως, είναι αποτέλεσμα μειωμένου αερισμού ή διαταραχής της σχέσως V̇/Q̇ στους πνεύμονες. Γενετικές διαταραραχές της καρβονικής ανυδράσης ΙΙ συνοδεύονται από νεφρική σωληναριακή οξέωση, οστεπόρωση, και εγκεφαλική εναπόθεση ασβεστίου. Δεν αναγνωρίζονται διαταραχές στην ανταλλαγή CO2 σε ασθενείς σε ηρεμία, κυρίως επειδή η καρβονική ανυδράση Ι που είναι παρούσα στα ερυθροκύτταρα είναι ικανή να υποστηρίξει πλήρως την ανταλλαγή CO2. Δεν είναι γνωστή η έκβαση της ανταλλαγής CO2 σε συνθήκες καταπονήσεως/ασκήσεως, όταν η παραγωγή CO2 αυξάνεται σημαντικά και οι υποκείμενες διαταραχές είναι πλέον έκδηλες. Σε πρόσφατες μελέτες έχει δειχθεί ότι ακόμη και σε συνθήκες ηρεμίας, η ανταλλαγή CO2 δεν είναι πλήρης σε ασθενείς με ανεπάρκεια καρβονικής ανυδράσης. Η διαφορά μεταξύ του τελοεκπνευστικού PCO2 και αρτηριακού PaCO2, ευρίσκετσαι αυξημένη, γεγονός που υποδηλώνει ότι η ανταλλαγή CO2 δεν εξισορροπείται κατά τη διέλευσή του από τα τριχοειδή του πνεύμονος.
Στην εικόνα σχηματοποιείται η ανταλλαγή CO2 στους πνεύμονες. Οι συνεχείς γραμμές απεικονίζουν αντιδράσεις που εξελίσσονται ταχέως. Οι διακεκομμένες γραμμές, αντίθετα, αναπαριστούν βραδείες αντιδράσεις παραγωγής CO2, από το H2CO3 που καταλύεται από την καρβονική ανυδράση (CA), που εντοπίζεται στο ενδοθήλιο. Οι στικτές γραμμές αναπαριστούν τις ρυθμιστικές αντιδράσεις μέσω της Hb.
Η καμπύλη διαστάσεως αιμοσφαιρίνης-CO2 στο αίμα επηρεάζεται από μεταβολές της οξεοβασικής ισορροπίας. Διαταραχές στις οποίες αυξάνεται η συγκέντρωση διττανθρακικών, όπως επί μεταβολικής αλκαλώσεως και αντιρροπισμένης αναπνευστικής οξεώσεως, συνεπάγονται αύξηση της ολικής ποσότητας CO2 σε όλες του τις μορφές με τις οποίες μεταφέρεται στο αίμα υπό δεδομένη μερική πίεση CO2. Το αντίθετο συμβαίνει επί μεταβολικής οξεώσεως που χαρακτηρίζεται από εκσημασμένη μείωση των διττανθρακικών, και, επομένως, ολικής συγκεντρώσεως CO2 υπό οποιαδήποτε μερική πίεση CO2. Η σχέση της αρτηριοφλεβικής διαφοράς περιεκτικότητας CO2 διαιρούμενης με την αρτηριοφλεβική διαφορά της PCO2 αποτελεί ένα δείκτη της αποτελεσματικότητας της μεταγωγής CO2. Αν και η σχέση αυτή ποικίλλει σε ασθενείς με μεταβολικές διαταραχές μειώνεται σημαντικά μόνο επί μεταβολικής οξεώσεως. Η μειωμένη αποτελεσματικότητα της μεταγωγής CO2 οφείλεται σε άμβλυνση του φαινομένου Haldane, επί μεταβολικής οξεώσεως που συνεπάγεται αύξηση στη φλεβική, και άρα στην ιστική συγκέντρωση CO2. Πρέπει να υπογραμμιστεί, όμως, ότι γενικά, η έρευνα υπολείπεται σε αυτόν τον τομέα. Η κοινή αυτή παθολογική κατάσταση παρατηρείται, συχνότερα, επί διαταραχών της οξειδώσεως της γλυκόζης οπότε παράγεται ενέργεια μέσω βιοχημικών οδών που απολήγουν στην παραγωγή ισχυρών οξέων. Καταστάσεις περιορισμένης αποδόσεως Ο2 στους ιστούς ή διαβητικής κετοξέωσεως, απολήγουν στην παραγωγή ακετοξεικού οξέος και β-υδροξυβουτυρικού οξέος. Και στις δύο συνηθισμένες καταστάσεις τα ισχυρά οξέα ιονίζονται πλήρως και απελευθερώνουν μεγάλα ποσά Η+. Με αύξηση των υδογονιόντων, τα διττανθρακικά συνδέουν Η+ προς σχηματισμό ανθρακικού οξέος, που αμέσως υδρολύεται σε CO2 και νερό. Το παραγόμενο CO2 εκπνέεται στους πνεύμονες. Έτσι, οι αντιδράσεις του CO2 διαδραματίζουν κεντρικό ρόλο στην ομοιοστασία του οργανισμού, στις προαναφερόμενες καταστάσεις.