Τα κυψελιδικά μακροφάγα περιέχουν λυσοσώμια και πρωτεολυτικά ένζυμα, όπως πχ., καθεψίνη, που μπορεί να συμμετέχουν στη βακτηριοκτόνο διαδικασία. Τα ανοσολογικά ενεργοποιημένα μακροφάγα εμφανίζουν αυξημένες συγκεντρώσεις υδρολυτικών ενζύμων, εντατική φαγοκυτταρική και βακτηριοκτόνο δραστηριότητα κι ενισχυμένη ικανότητα να εκκολπώνονται και να καταστρέφουν παθογόνους μικροοργανισμούς.Τα αδρανή και αδιάλυτα σωματίδια που έχουν προωθηθεί στη βρογχιολιοκυψελιδική περιοχή υφίστανται ενσωμάτωση και φαγοκυττάρωση από τα κυψελιδικά μακροφάγα. Ακόμη μικρότερα σωματίδια μπορεί, πάντως, να διαφεύγουν και να διεισδύουν στο διάμεσο χώρο με μηχανισμούς πινοκυτώσεως. Σωματίδια μεγέθους αναλόγου με το μέγεθος των μικροβίων, συνήθως φυσικής διαμέτρου μεγαλύτερης του 1 μm υφίστανται φαγοκυττάρωση αλλά όχι ενδοκυττάρια πέψη, αθροίζονται στα μακροφάγα και μπορεί να ασκήσουν κυτταροτοξική δράση στο κύτταρο. Τα μακροφάγα επιδείχνουν θετική χημοταξία και προσελκύονται από σωματίδια. Όσα φέρουν αδιάλυτα σωματίδια συναθροίζονται και μεταναστεύουν, έτσι που μπορεί να προκαλέσουν αναδιανομή των σωματιδίων κατά συστάδες και τοπικές συγκεντρώσεις. Μερικά κύτταρα προωθούνται προς τα κροσσωτά βρογχιόλια μέσω παράπλευρων επικοινωνιών και μπορεί να αποβληθούν παρασυρόμενα με την τραχειοβρογχική βλέννη, προς το φάρυγγα, από όπου αποχρέμπτονται ή καταπίνονται. Κατά πειραματικές πληροφορίες, ο μηχανισμός αυτός αποβολής είναι ανενεργός στον ανθρώπινο πνεύμονα, παρ΄ ό,τι έχει βεβαιωθεί σε πειραματόζωα. Αδιάλυτα σωματίδια καθηλωμένα στους πνεύμονες μπορεί, επιπλέον, να παγιδευθούν στο διάμεσο χώρο κι έτσι, εμποδίζεται η αναδιανομή τους και η ενδεχόμενη αποβολή τους. Μόνο πολύ μικρά σωματίδια, φυσικής διαμέτρου μικρότερης των 10μm μπορούν να μετακινηθούν διαχεόμενα μέσω της κυψελιδοτριχοειδικής μεμβράνης προς την αιματική κυκλοφορία, από όπου μεταφέρονται σε απομακρυσμένες εναποθέσεις ή αποβάλλονται από τους νεφρούς. Μια άλλη οδός απομακρύνσεως σωματιδίων και μακροφάγων που έχουν μεταναστεύσει έξω από τις κυψελίδες είναι η λεμφική οδός, αλλά δεν υπάρχουν επαρκείς πληροφορίες αναφορικά με την προώθηση εισπνεομένων επιμερών στοιχείων μέσω των λεμφαγγείων προς τους επιχώριους λεμφαδένες.