Είναι ομάδα πρωτεϊνών που έχουν την ικανότητα να μεταφέρουν νερό και που εκφράζεται σε πολλά είδη επιθηλιακών και ενδοθηλιακών κυττάρων και άλλους ιστούς. Μεταξύ αυτών, τα μικροαγγειακά ενδοθήλια, καθ΄όλο το μήκος των αεραγωγών και παρεγχύματος (AQP1), τα βασικά κύτταρα στους μεγάλους αεραγωγούς (AQP3), τα τύπου Ι κυψελιδικά μακροφάγα και τα ορώδη κύτταρα των τραχειοβρογχικών αδένων (AQP5). Η έκφραση μερικών εξ αυτών αυξάνεται λίγο πριν τη γέννηση και φαίνεται ότι ρυθμίζονται από αυξητικούς παράγοντες, τη φλεγμονή και το ωσμωτικό stress, υποδηλώνοντας (αλλά όχι χωρίς επιφυλάξεις) ότι διαδραματίζουν σημαντικό ρόλο στη φυσιολογία της αναπνοής. Παρόλο ότι οι AQP1 και 5, επιφορτίζονται τη βασική, μέσω ωσμωτικών τάσεων μεταφορά νερού για τα κυψελιδικά κύτταρα, στα έμβρυα και τους ενήλικες πνεύμονες, η κυψελιδική κάθαρση δεν επηρεάζεται από την έλλειψη AQP ούτε η μεταγωγή CO2 ή υγρού σε πειραματικές διατάξεις πνευμονικής βλάβης. Στους αεραγωγούς, οι AQP3 και 4 διευκολύνουν τη μεταγωγή νερού, αλλά η ενυδάτωση των αεραγωγών, ο όγκος και η σύνθεση της λεπτής στιβάδας υγρού, που επαλείφει την εσωτερική επιφάνεια των αεραγωγών, δεν διαταράσσονται επί ελλείψεως AQP. Στους υποβλεννογόνιους αδένες, η έλλειψη AQP προκαλεί σημαντική μείωση στην ταχύτητα και την πρωτεϊνική σύνθεση των εκκρίσεων. Έτσι, οι AQP ασκούν σημαντικές λειτουργίες στους υποβλεννογόνιους, τραχειοβρογχικούς αδένες. Οι σημαντικά χαμηλότερες ταχύτητες μεταγωγής υγρού στους αεραγωγούς, τον υπεζωκότα, και το πνευμονικό παρέγχυμα, συγκριτικά με τους νεφρούς και μερικά είδη εκκριτικών επιθηλίων, μπορεί να εξηγούν τη μειωμένη λειτουργική χρησιμότητά τους στους πνεύμονες. Εντούτοις, παραμένει αδιευκρίνιστη η πιθανότητα ότι οι AQP μπορεί διαδραματίζουν ρόλο στη φυσιολογία των πνευμόνων, κάτω από συνθήκες stress ή βλάβης, που δεν έχουν ακόμη ελεγχθεί ή σε λειτουργίες που δεν σχετίζονται με τη διεπιθηλιακή μεταγωγή υγρών.