Οι αιτιοπαθογενετικοί μηχανισμοί της πνευμονίας μπορεί να διακριθούν σε εξωγενείς κι ενδογενείς. Στους εξωγενείς παράγοντες συμπεριλαμβάνονται η έκθεση σ΄έναν μικροβιολογικό παράγοντα, σε ερεθιστικά αέρια ή πρόκληση πνευμονικής βλάβης. Οι ενδογενείς παράγοντες σχετίζονται με τον ξενιστή. Η κάμψη των προστατευτικών μηχανισμών, όπως τα αντανακλαστικά του βήχα, του πταρμού της αναστολής της εισπνοής, και διαταραχ΄.ες της αποδοτικόττηας της βλεννοκροσσωτής συσκευής συνεπεία καπνιστικής συνήθειας ή προηγηθείσας ιογενούς λοιμώξεως, η έκπτωση της επίκτητης άμυνας , όπως επί ασθενών με AIDS, προσωρινή όπως επί δηλητριάσεως με αλοκόόλη, μέθη, ή μεταβολικές διατααρχές, ή μόνιμες, όπως μετά ΑΕΕ, ή μετά ενδοτραχειακή διασωλήνωση, συντελούν στην κατάργση των προστατευτικών μηχανισμών και την ανάπτυξη κατιούσης φλεγμονής. Πρόσθετοι παράγοντες είναι η παρωχημένη ηλικία, και συνοσηρόττηες, όπως όγκοι, ΧΑΠ, εισπνοή τοξικών, ερεθιστικών ή ασφυξιογόνων οπυσιών (ρύπανση, κάπνισμα) και η κακή στοματική υγιεινή εισφέρουν στην μόλυνση του τραχειοβρογχικού δένδρου και του παρεγχύματος. Επιπλέον, η αιματογενής διασπορά ποαθογόνων μικροβίων, όπως επί μικροβιαιμίας, απότοκη εξωπνευμονικής αιτιολογίας λοιμώξεων, μπορεί να απολήξει στην ανάπτυξη σηπτικών μεβόλων και εικόνας βρογχοπνευμονίας.
Μετά τη μόλυνση, ενεργοποιούνται μηχανισμοί φλεγμονής, με την προσέλκυση ουδετροφίλων από τα τριχοειδή, με μηχανισμούς οι οποίοι ενεργοποιούνται από τα δενδριτικά κύτταρα καιμ τα κυψελιδικά μακροφάγα. Σχηματίζεται έτσι μια δεξαμενή ουδετροφίλων που είναι έτοιμα για δράση, εφ΄όσον απαιτηθεί. Τα ουδετερόφιλα φαγοκυτταρώνουν και αδρανοποιούν μικρόβια, απελευθερώνοντας οξειδωτικούς μηχανισμούς αντιμικροβιακές πρωτεΐνες και αποδομητικά ένζυμα, ενώ, ταυτόχρονα εξωθούν δίκτυο χρωματίνης που εμπειρέχει αντιμικροβιακές πρωτεΐνες, που παγιδεύουν και αδρανοποιούν εξακυττάρια μικρόβια, γνωστή ως ουδετεροφιλικές εξωκυττάριες παγίδες ( neutrophil extracellular traps, NETs). Ποικιλία υποδοχέων μεμβράνης και λιγανδίνες εμπλέκονται στις πολύπλοκες διαντιδράσεις μεταξύ των μικροβίων των κυττάρων του πνευμονικού παρεγχύματος και των ανοσοκυττάρων του ξενιστού.