Οι πρωτεΐνες που ανιχνεύονται στις τραχειοβρογχικές εκκρίσεις μπορεί είτε να διαχέονται από το πλάσμα (όπως η αλβουμίνη, η τρανσφερρίνη, η απτοσφαιρίνη και η α1-αντιθρυψίνη) ή να παράγονται επιτοπίως στους πνευμονικούς ιστούς, ή, τέλος, να έχουν ως κοινή προέλευση διάφορα κύτταρα, όπως τα ουδετερόφιλα, τα μονοκύτταρα και τα ηωσινόφιλα, τα οποία άλλοτε κυκλοφορούν ελεύθερα στο αίμα κι άλλοτε καθηλώνονται στους πνευμονικούς ιστούς.
1. Πρωτεΐνες πλάσματος
Ο βαθμός συγκεντρώσεως των πρωτεϊνών πλάσματος στις τραχειοβρογικές εκκρίσεις εξαρτάται κυρίως από το μοριακό τους βάρος, καθώς επίσης και από την ύπαρξη ή μη φλεγμονωδών καταστάσεων στο παρέγχυμα. H ύπαρξη, μάλιστα, φλεγμονωδών καταστάσεων καταργεί την εκλεκτικότητα του κυψελιδικού επιθηλίου στη διήθηση πρωτεϊνών χαμηλού μόνο μοριακού βάρους. Επιπλέον, η αύξηση της συγκεντρώσεως στο πλάσμα των πρωτεϊνών (πχ. οξείας φάσεως), ακολουθείται από ανάλογη αύξησή τους στις εκκρίσεις. Επί ARDS, πχ., ή σαρκοειδώσεως, ανιχνεύονται ικανά ποσά Α2-μακροσφαιρίνης, μιά πρωτεϊνη μεγάλου μοριακού βάρους (725.000d), η οποία μάλλον απουσιάζει από το τραχειοβρογχικό δένδρο των υγιών.
2. Τοπική -πνευμονική- παραγωγή πρωτεϊνών
Διάφοροι μηχανισμοί τοπικής μεταφοράς ενεργοποιούνται σε παθολογικές, ιδίως, καταστάσεις, πέρα από τους συνήθεις της διαχύσεως ή της πινοκυτώσεως, που συνεπάγονται την αύξηση συγκεκριμένων πρωτεϊνών στο πνευμονικό παρέγχυμα, όπως πχ. η α1-αντιχυμοθρυψίνη, της οποίας η συγκέντρωση στις εκκρίσεις είναι υψηλότερη της αντίστοιχης του πλάσματος. Επιπλέον, σε παθολογικές ιδίως καταστάσεις, ενισχύεται η παραγωγή τους από κύτταρα, όπως τα επιθηλιακά, τα τύπου Ι και ΙΙ πνευμονοκύτταρα, τα μακροφάγα, τα λεμφοκύτταρα, τα πλασματοκύτταρα ή άλλα κύτταρα που ενεργοποιούνται τοπικά ή προσελκύονται εκ χημειοτακτικών ερεθισμάτων, προερχόμενων από τις φλεγμονώδεις διεργασίες, όπως πχ. ο αναστολέας της εκκριτικής λευκοπρωτεάσης, οι χημειοτακτίνες και οι κυτοκίνες.
3. Προστατευτικές πρωτεΐνες
Τα πρωτεολυτικά ένζυμα, που συνήθως απελευθερώνονται από τα ενεργοποιημένα φλεγμονώδη κύτταρα, όπως η ουδετεροφιλική ελαστάση, προκαλούν βλάβες ή και καταστροφή στους πνευμονικούς ιστούς και ενοχοποιούνται στην παθογένεια πολλών νοσημάτων, όπως η βρογχίτιδα, το πνευμονικό εμφύσημα, οι βρογχιεκτασίες και το ARDS. Η πρωτεολυτική τους δράση αναχαιτίζεται από ειδικές αντιπρωτεολυτικές πρωτεΐνες, που ανιχνεύονται στις εκκρίσεις κι ασκούν με τον τρόπο αυτό αποδοτικό προστατευτικό ρόλο.