Η αποτίμηση της σχέσεως της δομής προς τη λειτουργία των πρωτεογλυκάνων και των άλλων συστατικών του συνδετικού ιστού είναι πολύ δύσκολη, επειδή τα στοιχεία αυτά είναι ετερογενή, υπάρχουν σε πολύ μικρές ποσότητες και ο μορφολογικός και χημικός τους προσδιορισμός ελλιπής. Πιστεύεται ότι οι πρωτεογλυκάνες συνεισφέρουν στη διαμόρφωση των μηχανικών ιδιοτήτων του πνεύμονος, λόγω των αντεπιδράσεών τους με άλλα συστατικά του συνδετικού ιστού και των ενδογενών ιδιοτήτων τους. Αναφορικά, με το τελευταίο, πιστεύεται ότι τα συστατικά αυτά συγκεντρώνονται κατά συστάδες στο διακυτταρικό πόρο. Οι πρωτεογλυκάνες καταλαμβάνουν πολύ μεγαλύτερο χώρο, απ΄ό,τι θα αναμενόταν συγκριτικά με τη μάζα τους. Πχ., οι πρωτεογλυκάνες των χόνδρων καταλαμβάνουν 30-50 φορές μεγαλύτερο από τον καταλαμβανόμενο από το ξηρό βάρος τους κι έχουν ακτίνα περίπου 600 Å., αλλά ο όγκος αυτός μπορεί να συμπιεσθεί, πχ., κατά την εφαρμογή τάσεως επί των πνευμόνων. Η συνακόλουθη μεταβολή του πνευμονικού όγκου απολήγει σε τροποποιήσεις της ηλεκτρικής πυκνότητας και, συνεπώς, στις δυναμικές ενδομοριακές αντεπιδράσεις. Επιπλέον, των μηχανικών επιδράσεων, οι πρωτεογλυκάνες θεωρούνται ότι επηρεάζουν την πρώϊμη ανάπτυξη του πνεύμονος κι, έτσι, φαίνονται να συμμετέχουν σφαιρικά στη δομική διαμόρφωση του πνεύμονος. Εκτός από τη δυνατότητα μεταβολής της ηλεκτρικής πυκνότητας, η ικανότητά τους να προσλαμβάνουν ή να απελευθερώνουν μεγάλες ποσότητες νερού μπορεί, επίσης, να επηρεάζει τη διαπερατότητα των κυψελιδικών τοιχωμάτων. Οι μηχανικές ιδιότητες της ινοδεσμίνης και της λαμινίνης είναι άγνωστες, αν και η δράση της ινοδεσμίνης στις διακυτταρικές ή κυτταρο-ιστικές αντεπιδράσεις μπορεί να αποδειχθεί σημαντική.