Αν και ο καταβολισμός των πρωτεογλυκάνων δεν έχει μελετηθεί εμπεριστατωμένα, είναι γνωστό ότι η επίδραση βιταμινών ή ορμονών επί της σταθερότητας των λυσοσωμιακών μεμβρανών και η φαγοκυτταρική δραστηριότητα των κυττάρων υπεισέρχεται στον καταβολισμό των GAG. Τα απαιτούμενα για την αποδόμηση ένζυμα είτε προσάγονται αιματογενώς είτε παράγονται επιτόπια[i]. Τα κυψελιδικά μακροφάγα, πχ., απελευθερώνουν ένζυμα μεταξύ των οποίων η β-γλυκουρονιδάση και η β-γαλακτοσιδάση, τα οποία πιθανόν υπεισέρχονται στους μηχανισμούς αποδομήσεως των γλυκοζαμινογλυκάνων.
[i] Fletcher, C., Peto, R., Tinker, C., et al.: The natural history of chronic bronchitis and pulmonary emphysema. Eight year study of early chronic obstructive pulmonary disease in working men in London. Oxford University Press, 1976