Ανιχνεύεται στα πρωτογενή (αζουροφιλικά) κοκκία των ουδετεροφίλων που αντιδρούν, επίσης, θετικά στην υπεροξειδάση, την όξινη φωσφατάση και τη γλυκουρονιδάση. Στα ίδια κοκκία, επίσης, ανιχνεύονται κατιονικές αντιβακτηριακές πρωτεΐνες. Η μυελοπεροξειδάση, από κοινού με άλλα ένζυμα, όπως η λακτοφερρίνη, η ελαστάση και η καθεψίνη G, αποτελεί μείζονα αντιγόνο-στόχο των pANCA.