εισάγονται σε μεταβολικές διαδικασίες, μόνο αφότου οι εφεδρείες υδατανθράκων και λιπών έχουν εξαντληθεί. Προκειμένου να μεταβολιστεί, μια πρωτεΐνη πρέπει πρώτα να διασπασθεί σε δομικές ομάδες αμινοξέων. Υπάρχουν 20 διαφορετικά αμινοξέα, που, σε ποικιλία αριθμού και συνδυασμών τους, συμμετέχουν στο σχηματισμό κάθε πρωτεΐνης. Τα διάφορα αμινοξέα εισάγονται στα στάδια του μεταβολισμού από διαφορετικά σημεία. Έτσι, η αλανίνη, η κυστεΐνη, η γλυκίνη, η σερίνη και η θρεονίνη μεταβολίζονται μέσω παραγωγής πυρουβικού οξέος και σχηματισμό ακετυλcoA (à888), ενώ η λευκίνη, η λυσίνη, η φαινυλαλανίνη, η τρυπτοφάνη και η τυροσίνη μεταβολίζονται προς ακετυλοοξεικό οξύ που, ακολούθως μετατρέπεται σε ακετυλοcoΑ. Η ισολευκίνη, η λευκίνη και η τρυπτοφάνη, αποδίδουν αμέσως ακετυλcoA. Από κάθε πηγή, ακολούθως, το ακετυλοcoA εισάγεται στον κύκλο του Krebs, που οδηγεί στην οξεδωτική φωφορυλίωση.
Μόνο η γλυκόλυση δεν συμμετέχει ως στάδιο μεταβολισμού των πρωτεϊνών. Λόγω των ευρυτάτων διαφορών στη σύνθεση πρωτεϊνών, το ποσόν του ΑΤΡ που παράγεται μέσω της διασπάσεώς τους και του μεταβολισμού τους ποικίλλει, επίσης, ευρέως. Γενικά, το αναπνευστικό πηλίκο για το μεταβολισμό των πρωτεϊνών είναι περίπου 0.80-0.85 (σχεδόν 200-213 ml/min CO2 παράγεται για κάθε 250 ml/min Ο2 που καταναλώνεται για τον αερόβιο μεταβολισμό των πρωτεϊνών).