Η εναλλακτική οδός του συμπληρώματος άρχεται με την ενεργοποίηση του C3 παρουσία παραγόντων Β, D και ιόντων Mg++, που απαντώνται στον ορό, όπου παρατηρείται αυτόματη υδρόλυση του C3 σε C3i, που διευκολύνει το σχηματισμό του συμπλέγματος C3iBb, που δρα ως C3 κονβερτάση. Η τελευταία προκαλεί το σχηματισμό C3b, ανέλεγκτα, γεγονός που απολήγει στην κατανάλωση του C3. Το αυτόματα παραγόμενο C3b συνδέεται με ομόλογες μεμβράνες του ξενιστή, αντεπιδρά με DAF (decay accelerating factor), που αναστέλλει τη συμβολή του παράγοντος Β στο σχηματισμό C3b αναχαιτίζοντας τον περαιτέρω σχηματισμό κονβερτάσης C3. Επιπλέον το DAF επιταχύνει τη διάσταση του προηγούμενα σχηματισθέντος C3bBb, διακόπτοντας, έτσι, την περαιτέρω παραγωγή C3b. Η σύνδεση του C3b με υποδοχείς CR1 διευκολύνει την αποδόμηση του C3b από τον παράγοντα Ι, ενώ παρατηρείται διάσταση του C3bBb. Η C3 κονβερτάση συνδέεται με σταθεροποιημένο C3 σχηματίζοντας C3bBbC3b, που είναι κονβερτάση C5. Ο σχηματισμός κονβερτάσης C5 αγγέλλει την περαίωση της εναλλακτικής οδού του συμπληρώματος.
H εναλλακτική οδός του συμπληρώματος ενεργοποιείται από πολλά Gram αρνητικά βακτηρίδια, όπως η Neisseria meningitidis και η N. Gonorrhoea, μερικά gram θετικά μικρόβια και ποικιλία ιών και παρασίτων, και απολήγει στη λύση των μικροοργανισμών αυτών. Επομένως, η εναλλακτική οδός αναδεικνύεται ως πρόσθετο μέτρο πρωτογενούς άμυνας έναντι μικροβίων, πριν την εγκατάσταση χημικής άμυνας και παραγωγής ειδικών αντισωμάτων. Η εναλλακτική οδός του συμπληρώματος είναι πρωτόλειος τρόπος άμυνας και οι άλλες οδοί του συμπληρώματος, όπως η κλασική και η λυτική οδός προφανώς προέρχονται από αυτήν. Το συμπλήρωμα δια της εναλλακτικής οδού, επίσης έχει την ικανότητα να διασπά συγκρίμματα ανοσοσφαρινών, ιδίως IgA, και ομόλογα ερυθροκύτταρα, ενώ ενεργοποιείται από άλλες πρωτεΐνες, όπως πρωτεάσες ή παράγωγα της αλληλουχίας πήξεως. Μια πρωτεΐνη, η cobra venom factor (CVF) έχει εκτεταμένα μελετηθεί για την ικανότητά της να ενεργοποιεί την εναλλακτική οδό.