Τα φαγοκυτταρούμενα μικρόβια μπορεί να εξουδετερωθούν και να καταστραφούν στα φαγοσώμια ή να διατηρηθούν σαν εδοκυττάρια παράσιτα. Ο μηχανισμός μέσω του οποίου το φαγοκύτταρο ενεργοποιείται για την εξουδετέρωση ενός μικροβίου διαφέρει, ανάλογα με τον τύπο του μικροοργανισμού. Η ενεργοποίηση για την αδρανοποίηση των ρικετσιών, πχ., προϋποθέτει την παρουσία ενδοτοξινών κι ένα αρχικό στάδιο προετοιμασίας με λεμφοκίνες. Η ταυτοποίηση των διαφόρων παραγόντων, που επεμβαίνουν στην ενεργοποίηση ή την πυροδότηση της φαγοκυτταρώσεως και της αδρανοποιήσεως μικροοργανισμών από τα φαγοκύτταρα, ευρίσκονται κάτω από εντατική έρευνα.
Ανεξάρτητα πάντως από τον πυροδοτικό μηχανισμό, στα φαγοκύτταρα ολοκληρώνονται δύο μηχανισμοί αδρανοποιήσεως μικροβίων: [α] διάφορες πρωτεΐνες εξουδετερώνουν μικρόβια με μηχανισμούς που δεν προϋποθέτουν την παρουσία O2, όπως, [α1] οι πρωτεϊνάσες (υδρολυτικά ένζυμα), [α2] οι κατιονικές πρωτεΐνες (δεν πρόκειται περί ενζύμων, αλλά βασικών πεπτιδίων που περιέχουν μεγάλα ποσά αργινίνης, που, σε πολυπεπτιδικούς σχηματισμούς, είναι ισχυροί αντιμικροβιακοί παράγοντες), [α3] η λυσοζύμη (μια βλεννοπεπτιδάση, που προσβάλλει το μικροβιακό τοίχωμα) και, [α4] η λακτοφερρίνη (μια πρωτεΐνη που συνδέει σίδηρο)· [β] διάφορες μικροβιοκτόνες ουσίες παράγονται μέσω Ο2-εξαρτωμένων μηχανισμών. Μεταξύ αυτών περιλαμβάνονται: [β1] η μυελοπεροξειδάση (καταλύει υπεροξειδώσεις που είναι τοξικές για τους μικροοργανισμούς, à914), [β2] το υπεροξείδιο του υδρογόνου (αντιδρασινικός, οξειδωτικός παράγοντας, που προκαλεί λύση των μικροβίων), [β3] ανιόν υπεροξείδιο (δηλαδή μοριακό οξυγόνο, μ΄ένα επιπλέον ηλεκτρόνιο), [β4] ατομικό οξυγόνο και, [β5] ρίζες υδροξυλίου. Τα προϊόντα αυτά παράγονται ενδοκυτταρίως, σε μεγάλα ποσά, όταν κατά τη διαδικασία της φαγοκυτταρώσεως, ο μεταβολισμός των μακροφάγων αυξάνεται, όπως φαίνεται από τη μεγάλη αύξηση της καταναλώσεως Ο2 και της γλυκόζης, μέσω της οδού μονοφωσφορικής εξόζης. Παράλληλα με τις μεταβολές αυτές, στο ρυθμό μεταβολισμού των φαγοκυττάρων παρατηρείται αύξηση της παραγωγής ανιόντων υπεροξειδίου. Αν και η ακριβής βιοχημική φύση των αντιδράσεων αυτών δεν έχει πλήρως διαλευκανθεί, η παραγωγή των υπεροξειδίων οφείλεται προφανώς σ΄ένα οξειδωτικό σύστημα της κυτταρικής μεμβράνης. Το σύστημα αυτό, η οξειδάση του NADPH, οξειδώνει, κατά προτίμηση, NADPH προς ΝΑDP. Η παραγωγή υπεροξειδίων μπορεί, μάλιστα, να συνδέεται με τον αυξημένο μεταβολισμό της μονοφωσφορικής εξόζης, για τη διεκπεραίωση των πρώτων σταδίων του οποίου απαιτείται NADP. Από το υπεροξείδιο του υδρογόνου μπορεί, στη συνέχεια να παραχθούν ρίζες ασταθούς, αλλά βλαπτικού υδροξυλίου. Τα αντιδρασινικά παράγωγα του Ο2 είναι απαραίτητα για τη μικροβιοκτόνο δράση των φαγοκυττάρων και πιθανόν για την, μέσω αντισωμάτων, λύση των νεοπλασματικών κυττάρων, αλλά μπορούν ακόμη να προκαλέσουν κυτταρική βλάβη, μέσω οξειδώσεως των λιπιδιακών στοιχείων της κυτταρικής μεμβράνης και βλάβη του κυττάρου. Τα ανιόντα υπεροξειδίου είναι ισχυροί τοξικοί παράγοντες για τα μικρόβια και τους ιστούς, αλλ΄ ευτυχώς είναι πολύ ασταθή και μετατρέπονται αμέσως σε υπεροξείδιο του υδρογόνου, που είναι τοξικό για τα μικρόβια, αλλά πολύ λιγότερο βλαπτικό στους ιστούς.