Ομόλογα μόρια που προήλθαν από μερική διαφοροποίηση περιοχών της αλληλουχίας του προγονικού γονιδίου, γεγονός, το οποίο συνιστά εξελικτική διαφοροποίηση των οργανισμών που τα φέρουν. Ορθόλογα γονίδια ευρίσκονται, επομένως, σε διαφορετικούς, εξελικτικά διακριτούς οργανισμούς. Τα ορθόλογα γονίδια θεωρούνται μοριακοί δείκτες της διαφοράς των ειδών.