Oι μηχανισμοί προστασίας του αναπνευστικού συστήματος διακρίνονται σε αντανακλαστικούς και μη αντανακλαστικούς και οι περισσότεροι από αυτούς εδράζονται και δρουν στους ανώτερους αεραγωγούς. Το αναπνευστικό σύστημα διαθέτει ισχυρούς μηχανισμούς διηθήσεως και κλιματισμού του εισπνεομένου αερορρεύματος, που εδράζονται -κυρίως- στη ρινοφαρυγγική περιοχή και τους ανώτερους αεραγωγούς.
Tα σωματίδια που παρασύρονται με το εισπνεόμενο ρεύμα τείνουν να καθηλώνονται στα τοιχώματα των αεραγωγών, να διεισδύουν ή να καθιζάνουν ή να διηθούνται, ανάλογα με το μέγεθος και τις αεροδυναμικές τους ιδιότητες (σχήμα, διαστάσεις), τη γεωμετρία των αεραγωγών και τους χαρακτήρες της ροής. Η στροβιλώδης ροή, πχ., που παρατηρείται στους κεντρικούς αεραγωγούς και στις διακλαδώσεις του τραχειοβρογχικού δένδρου, ευνοεί την καθήλωση των μεγαλυτέρων σωματιδίων και τη μηχανική διήθηση του εισπνεομένου ρεύματος, ενώ, αντίθετα, η γραμμική ροή διευκολύνει τη βαθύτερη διείσδυση επιμερισμένων σωματιδίων ή σταγονιδίων. Τα εισπνεόμενα σωματίδια και σταγονίδια διαμέτρου μεγαλύτερης των 10-20μm καθηλώνονται στη ρινοφαρυγγική περιοχή, η οποία, όπως είναι γνωστό εμφανίζει εξέχοντα ανοσολογικό εξοπλισμό. Στην περιοχή υπάρχουν τρεις συγκεντρώσεις λεμφοειδούς ιστού, που συναποτελούν το δακτύλιο Waldeyer. Περί το δακτύλιο Waldeyer συντελείται ηλεκτροστατική παγίδευση σωματιδίων και μικροοργανισμών. Σωματίδια μικρότερα των 0.3μm δεν κατακρατούνται στο αναπνευστικό σύστημα και επανεκπνέονται. Μικρά σωματίδια 0.5-3μm διεισδύουν βαθύτερα και κατακρατούνται στους αεροχώρους.